Публикую свой тулчейн для биоинформатики/вычислительной биологии/молекулярного моделирования, которым пользовалась сама (или перманентно возвращаюсь при разборе задач). Возможно, он пригодится тем, кто собирает собственный инструментарий и пока пытается понять, что и для чего вообще существует.
Список, возможно, буду постепенно обновлять, разбирать подробнее. Но это не точно.
Инструменты быстро устаревают/обновляются, потому проверяйте их актуальность перед использованием.
Большие библиотеки и данные предпочитаю хранить не только локально (так никакой памяти не напасёшься). И вам очень советую.
SnapGene — планирование и визуализация молекулярного клонирования, конструкции и последовательности.
Спойлерплатно, есть академические/студенческие и корпоративные лицензии; Viewer бесплатно. Полная версия платная; для академии цены ниже, для коммерции покупают обычно отдельный корпоративный план.
ZEISS ZEN / Nikon NIS-Elements — ПО для микроскопии. Управление съёмкой, обработка изображений/анализ; у меня именно анализ. Да, представляете, НИКОН!:)
СпойлерZEISS ZEN — есть бесплатный ZEN lite, но полные версии, к сожалению, платные; академия/коммерция.
NIS-Elements — основные пакеты платные, но вот NIS-Elements LE/Viewer бесплатно; тоже академия/коммерция.В Excel держу обработанные результаты RNA-seq, списки генов и таблицы дифференциальной экспрессии, а вот большие матрицы — Python/R. Для совсем тяжёлых таблиц удобнее Polars или DuckDB + Parquet.
СпойлерPolars — бесплатный и лицензия MIT + коммерция разрешена.
Parquet — всё открытоPostgreSQL + RDKit — мой любимый бесплатный вариант для хим базы. Можно делать SQL-запросы по структурам, искать подструктуры и считать сходство Танимото.
Спойлербесплатно и открытый код + коммерция разрешена. У PostgreSQL своя разрешительная лицензия, RDKit — BSD.
Из больших библиотек соединений — ZINC20 / ZINC-22. Для ZINC-22 удобно использовать CartBlanche22.
СпойлерБесплатно для всех. Соединения приобретаются у соответствующих поставщиков.
Из репозиториев — PubChem и ChEMBL.
СпойлерPubChem бесплатен для всех, но лицензия отдельных данных зависит от источника. Сам PubChem бесплатен, но у части наборов есть собственные условия.
ChEMBL — бесплатно, есть лицензия, и коммерция возможна только с ней.Для ресёрча и наборов данных — BioStudies, Zenodo, Figshare.
СпойлерBioStudies — бесплатно, но новые наборы CC0.
Zenodo — бесплатно для всех, кроме военного использования, есть лицензия каждого материала отдельно.
Figshare — есть бесплатный аккаунт, институты/коммерция платные, лицензия данных идёт отдельно.Для обработки данных без постоянного написания кода — KNIME Analytics Platform. Отменная штуковина для биологов (и таких же лентяев, как я).
Спойлербесплатно, GPLv3, и даже можно юзать в коммерции; а вот KNIME Business Hub — это платный корпоративный хаб.
RDKit — расчёт дескрипторов, молекулярные отпечатки, структуры и подготовка наборов данных для ML.
СпойлерИ бесплатный! BSD, для всех, включая коммерцию.
PLIP — разбирает взаимодействия белка и лиганда в уже полученных комплексах или докинг-позах. После массового докинга — прекрасен!
Спойлербесплатно, GPLv2, академия и коммерция. НО при распространении/встраивании уже надо соблюдать GPL; пишут, мол, что коммерческое использование возможно.