АРХИВ ЛОНГРИДОВ ПОЛЕВЫЕ ЗАМЕТКИ
ИСКУССТВЕННЫЙ ИНТЕЛЛЕКТ ГЛУБОКОЕ ОБУЧЕНИЕ
АТЛАС СОЗНАНИЯ МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ ОМИКА · МУЛЬТИОМИКА ИЗОМОРФИЗМ
HARD SCI-FI TECHNOTHRILLER TIER IV: CODE NθX

Holy Grail in Silico

Информация о пользователе

Привет, Гость! Войдите или зарегистрируйтесь.


Вы здесь » Holy Grail in Silico » Субклеточные системы » Факторы Яманаки.


Факторы Яманаки.

Сообщений 1 страница 4 из 4

1

ФАКТОРЫ ЯМАНАКИ.

Возможно, вы уже натыкались на новости, что скоро можно будет возвращать молодость, продлевать жизнь?
Я не буду столь оптимистична, а просто расскажу о клеточной памяти, эпигенетике, регенерации, рисках опухолевого роста и вопросах доставки.
Это был тёплый летний вечер в Древней Греции (с)

В 2012 году Синъе Яманаке и Джону Гёрдону дали Нобелевку за удивительное открытие — зрелые клетки можно перепрограммировать обратно в плюрипотентное состояние.
— Вымысел  чистой воды, — скажете вы.
— Ан-нет, — парируя я. — Четыре транскрипционных фактора: Oct4, Sox2, Klf4 и c-Myc (часто сокращают до OSKM).


В 2006 году группа Яманаки показала, что их экспрессия может вернуть зрелую клетку в состояние индуцированной плюрипотентной стволовой клетки, iPSC (то бишь, эти клетки обладают свойством бесконечного самообновления и способны превращаться в любые типы тканей организма). И клеточное состояние можно сдвинуть.
Причём, для этого не обязательно полностью обнулять клетку — сейчас особенно интересна идея частичного перепрограммирования, когда клетку пытаются сделать функционально моложе, сохранив её тип и роль в ткани.

Факторы Яманаки — это транскрипционные регуляторы (довольно крупные белки, работающие в ядре клетки и запускающие перестройку экспрессии множества генов). Это вам не это! Не маленькие лекарственные молекулы, которые можно взять и сравнительно просто прогнать через фармакокинетику. Они огромны!
Поэтому встали вопросы ребром: куда применять, насколько обильно, на какое время и в каких клетках они вообще приемлемы? Ошибка здесь может означать потерю клеточной идентичности или патологический рост (вместо омоложения), а про онкогенные риски лучше вообще разберём отдельно, потому что там нужен свой пост.
— И что с ними делать?
Что ж, в первую очередь факторы полезны в регенеративной медицине и при возрастных болезнях.
Есть работы по частичному перепрограммированию в контексте нейродегенеративных заболеваний, памяти, старения мозга (вы верно поняли, — деменция/Альцгеймер, Паркинсон, Гентингтон, БАС и тд, только на разных стадиях результативности), восстановления зрительного нерва и сетчатки (уже есть прорывы на людях!), а также по регенерации мышц и других тканей. Пока большая часть сильных результатов — это, к сожалению, доклиника (тесты с клетками, органоидами, мышами…).

Как вы понимаете, восстановление памяти или смягчение признаков нейродегенерации у мышек готовой терапией того же Альцгеймера у человека не является. Но вот направление важное, потому что оно бьёт и по отдельной мишени, и по возрастным изменениям клеток.
Наше поколение если и дождётся каких-либо подвижек, то ещё очень нескоро.

Отдельная и очень большая проблема — доставка.
В экспериментах с факторами Яманаки часто используют генетические системы доставки, например AAV-векторы, потому что нужно заставить клетки временно экспрессировать нужные факторы. Для глаза, например, это гораздо удобнее провернуть — орган-то локализован, доступен, эффект легче измерять. Поэтому офтальмология стала одним из самых заметных направлений сейчас.
Что же касается хайпового системного омоложения — это только звучит эффектно, но там всё сложнее: нужно контролировать распределение по тканям, дозу, длительность экспрессии и безопасность (помним про неконтролируемый рост и опухоли). А мозг добавляет ещё один барьер (ГЭБ). Некоторые AAV-серотипы и локальные стратегии доставки изучаются для ЦНС, но это не значит, что доставить факторы в мозг уже стало простой инженерной задачей. Ничего подобного.

2

После первого поста про факторы Яманаки можно подумать, что всё так просто:  нашли какие-то четыре фактора, запустили их в организм, и клетка с аппетитом принимает эти факторы, внезапно молодеет, хорошеет и рога отпадают, как в мультике у Мартынко после молодильных яблочек.
Увы, клетка не обязана молодеть так, как нам удобно.
Если слишком бесцеремонно вмешаться в её программы, можно получить потерю идентичности, чрезмерное и бесконтрольное деление или смещение в сторону рака/опухолей.
Одним из всадников онкогенного апокалипсиса выступает фактор c-Myc.
MYC — семейство протоонкогенов, кодирующих транскрипционные факторы; c-Myc участвует в контроле роста клетки, клеточного цикла, метаболизма, апоптоза и клеточной пластичности (короче говоря, он помогает клетке решать расти ли, делиться ли, перестраивать ли обмен веществ и когда самоуничтожиться). Конечно, онкогенный риск сводится не только к c-Myc, но пока мы разберём именно его — нашу педаль газа.
Надо учесть, что когда мы жмём тапку в пол, педаль может застрять. В контексте перепрограммирования c-Myc помогает повысить эффективность получения индуцированных плюрипотентных стволовых клеток, но одновременно связан с рисками рака, поэтому во многих более безопасных подходах его пытаются исключать или компенсировать его отсутствие малыми молекулами. Они, к слову, в разы меньше факторов.
Опухоли возникают почему? Потому что чаще всего у клетки начинают слетать тормоза: она не знает, когда делиться, когда остановиться, когда концы отдать, когда сохранять свою специализацию. MYC опасен тем, что может подталкивать сразу несколько таких процессов.
Тут я хочу вскользь напомнить про малые молекулы/коктейли из них, потому что сейчас активно пытаются подкрутить сигнальные пути, метаболизм и эпигенетическое состояние клетки, сохранив нужную пластичность. Это могут быть ингибиторы или активаторы отдельных путей, регулировка хроматина, метаболические модуляторы — словом, попытка получить часть эффекта перепрограммирования без прямого запуска полного спектра Яманаки.


Частичное перепрограммирование хочет пройти по лезвию ножа — немного откатить возрастные эпигенетические признаки клетки и не стереть её «специализацию». Например, взять нейрон в мозге! Условному нейрону становиться стволовой клеткой никак нельзя, точнее, нам не нужен откат его идентичности до состояния, где он перестаёт вести себя как нейрон — ему необходимо сохранить нейронную идентичность и, если всё получилось, улучшить часть нарушенных функций.
Поэтому тут важны время, дозировка, ткань, тип клетки и способ доставки. Долгая или плохо контролируемая экспрессия факторов может сдвинуть клетку дальше, чем хотелось бы.
Когда говорят «онкогенный риск», часто думают о каком-то бесконтрольном делении, метастазах, но для факторов проблема в другом: клетка может потерять часть своей идентичности, войти в промежуточное нестабильное состояние (надеюсь, РКН мной не заинтересуется после этих слов, как-то нескрепно получилось:)), изменить программу экспрессии генов или начать вести себя не так, как должна, в общем-то, вести себя клетка конкретной ткани.

Для мозга это критично, нейроны — клетки, встроенные в гигантские сети с массой финтифлюшек: контактами, определенным строением, структурой и функцией, и слишком сильный сдвиг их состояний может быть повреждением логики ткани, даже никакой лишней хромосомы не потребуется. :)
В других тканях тоже всё не лыком шито, но в мозге цена ошибки особенно высокая.

3

Теперь перейдём к другой неприятности: даже если убрать самого онкогенно-скользского товарища, клетка всё равно может взъерепениться при наших попытках её омолодить.
У неё есть своя идентичность: нейрон ведёт себя как нейрон, мышечная клетка — как мышечная, клетка сетчатки — как клетка сетчатки, логично.


Огромный набор включённых и выключенных генов, эпигенетических меток, белков, связей с соседями, метаболических режимов — всё там. Если перепрограммирование слишком слабое — ничего толкового не происходит; если слишком сильное — клетка может потерять специализацию, уйти в нестабильное промежуточное состояние или приблизиться к плюрипотентности.

Представьте, нейрон превратится в стволовую. Начнёт мракобесить, терять нейронную специализацию и сдвигаться к более пластичному, менее «определённому» состоянию. Для чашки Петри это может быть хорошо, если так задуманно, для живой ткани — нет. Нам его нелёгкую судьбу стирать не нужно, нам желательно поправить возрастные/повреждённые параметры, сохранив клеточный тип.

Нейрону снова стать молодым эмбриональным энтузиастом никуда не годится. Он должен остаться нейроном — активной живой штукой, сохранившей связи; у которой есть своё место в сети, функция, а в идеале с помощью факторов надо улучшить повреждённые или возрастные параметры (если мы берём нейродегенеративные заболевания). Потому частичное перепрограммирование в мозге звучит заманчиво, но требует гораздо более тонкой калибровки, чем рэджбайты в новостях про омоложение с исключением деменции.

4

Новость ровно в эту серию, и она, можно сказать, беспрецедентная.
9 июня 26 года Бостонский Life Biosciences сообщил, что первый участник получил ER-100 в клиническом исследовании первой фазы! Они проверяют, можно ли через частичное эпигенетическое перепрограммирование восстановить функцию повреждённых клеток сетчатки/зрительного нерва.
Это терапия при поражении зрительного нерва, включая открытоугольную глаукому и переднюю ишемическую оптическую нейропатию.
Там указано, что используется AAV, а системный доксицилин дают 8 недель для активации OSK. Интравитреальная доставка в глаз + управляемое включение факторов.


Вспоминаем наши предыдущие посты.
ER-100 использует не полный набор факторов OSKM, а OSK: OCT4, SOX2 и KLF4.
Тут взяли только три фактора Яманаки без c-Myc — того самого M, про который я уже говорила как про опасную педаль газа, связанную с онкогенными рисками, и который предлагала убрать или сделать коктейли из малых молекул для воссоздания полезных свойств.
В этом конкретном случае пытаются немного сдвинуть возрастное/повреждённое эпигенетическое состояние клетки, не превратив её в стволовую и не стерев её специализацию.
Почему начали с глаза? Потому что глаз — удобная площадка для таких подходов. Он локализован (буквально, сделаю об этом пост), доступен для инъекции, эффект можно измерять, а при глаукоме и других оптических нейропатиях страдают ретинальные ганглиозные клетки — нейроны, которые соединяют сетчатку с мозгом. Эти клетки сами по себе нормально не восстанавливаются, поэтому «модификация» здесь особенно интересна.
Но, друзья, ложка дёгтя.
Это первая фаза клинического исследования. И первая фаза — это прежде всего безопасность и переносимость. Давайте с вами оставим тезисы, типа «мы доказали омоложение человека», «старение отменили», «завтра лечим деменцию, Паркинсона и Гентингтона» — ничего подобного, а то уже расплодились инфоцыгане. Не верьте. Сейчас проверяют, насколько безопасно вводить ER-100 людям с поражением зрительного нерва, какие будут побочные эффекты, иммунные реакции и только дополнительно — что происходит с функциональными зрительными показателями.
ER-100 — это AAV2-OSK: вирусный вектор доставляет инструкции для экспрессии трёх факторов, а включение OSK (части факторов) контролируется доксициклином. То бишь, исследователи сейчас пытаются управлять временем и уровнем экспрессии, потому что в частичном перепрограммировании именно жёсткий, ОЧЕНЬ жёсткий контроль решает всё (доза, ткань, клеточный тип, длительность, доставка — отдельная боль).
Тем не менее, событие, что нам представили, прекрасно. Пусть мы не получили терапию от старения, но эпигенетическое перепрограммирование впервые по-настоящему входит в клиническую проверку у человека!
И теперь будет самое интересное — выдержит ли наша биология встречу с клиникой. Будем наблюдать за исследованием.


Вы здесь » Holy Grail in Silico » Субклеточные системы » Факторы Яманаки.


Рейтинг форумов | Создать форум бесплатно