Здесь буду выкладывать полезные платформы, которые хорошо себя зарекомендовали. Подборка основана на моём опыте, не претендует на полноту или статус окончательной рекомендации — в этой среде платформы и инструменты меняются со скоростью света, поэтому перед использованием советую обязательно проверить их текущее состояние, а также документацию и актуальность данных.
В них можно найти уже интегрированные биомедицинские, экологические и геномные данные. Самое главное — в большинстве не нужно самому сводить десятки источников: графы УЖЕ построены, и можно делать link prediction, GNN, и иные методы, в том числе использовать их для обучения моделей на биомедицинских данных.
Данные, конечно, не всегда актуальны. Надо понимать, что происхождение каждого ребра важно; некоторые связи корреляционные, а не причинно-следственные. Зато диапазон применения очень широкий, вплоть до космической медицины (например, SPOKE нынче связан с NASA OSDR/GeneLab). Обновления и актуальность тоже буду периодически фиксировать.
Биоинформатика: графы, данные, библиотеки.
Сообщений 1 страница 5 из 5
Поделиться12026-09-14 17:14:45
- Администратор
- Зарегистрирован: 2026-09-09
- Приглашений: 0
- Уважение: [+0/-0]
- Провел на форуме:
1 день 19 часов - Последний визит:
Сегодня 20:14:20
Поделиться22026-09-14 19:08:30
- Администратор
- Зарегистрирован: 2026-09-09
- Приглашений: 0
- Уважение: [+0/-0]
- Провел на форуме:
1 день 19 часов - Последний визит:
Сегодня 20:14:20
Названия кликабельны.
ГРАФЫ:
CKG (Протеомика + клиника) — 16М узлов, 220М связей, Neo4j, ML внутри.
SPOKE (биомед + экология + соц. факторы) — онлайн, обновляемый граф. Фаворит!
SPOKE GeneLab — интеграция с NASA GeneLab/OSDR для космической биологии.
Hetionet (гены + болезни + препараты) — отличная ML-база, классический статистический граф.
PrimeKG заменён теперь Optimus KG — ещё один фаворит, вышел прямо в 26 году, новый граф Zitnik Lab и Мед школы Гарварда.
OpenBioLink — бэнчмарки для link prediction, основной опубликованный датасет там пока от 20 года.
DRKG от Амазона — поиск новых связей лекарств, генов и заболеваний + ковид. Старенький KG, но охват нормальный.
Open Targets Platform — генетика, варианты, клиническая информация, данные по препаратам. Активно поддерживается.
BioCypher — фреймворк для сборки собственных биомедицинских KG (CKG уже переносили/интегрировали через BioCypher).
Поделиться32026-09-14 19:09:23
- Администратор
- Зарегистрирован: 2026-09-09
- Приглашений: 0
- Уважение: [+0/-0]
- Провел на форуме:
1 день 19 часов - Последний визит:
Сегодня 20:14:20
Названия кликабельны.
СЫРЬЁ:
BioGrid (белок) — экспериментально верифицированные PPI, генетические взаимодействия.STRING (PPI +связи) — ОГРОМНАЯ сеть функциональных ассоциаций белков + отдельный физический PPI; связи с оценкой/уверенностью.
InAct — тоже PPI, молекулярные взаимодействия с привязкой к экспериментам.
KEGG (метаболизм) — хорошие карты метаболизма и других биологических путей.
Reactome — детально про реакции, участников и пути.
Pathway Commons — пути и визуализация. Агрегатор путей и взаимодействий из разных источников + поиск/просмотр сетей.
Поделиться42026-09-14 19:21:24
- Администратор
- Зарегистрирован: 2026-09-09
- Приглашений: 0
- Уважение: [+0/-0]
- Провел на форуме:
1 день 19 часов - Последний визит:
Сегодня 20:14:20
Названия кликабельны.
ВИЗУАЛИЗАЦИЯ, ОБМЕН СЕТЯМИ:
Cytoscape — плагины (stringApp, ReactomeFI), система приложений большая (stringApp, Reactome FI и др.).Gephi — красивишно, быстро и удобно для общих графов, но не биоспецифичен вообще.
OmicsNet — тул для сборки и визуального анализа омиксных сетей, и не надо ничего ставить.
NDEx — шаришь графы как Dropbox. Обмен, хранение и публикация сетей.
Поделиться52026-09-14 19:26:24
- Администратор
- Зарегистрирован: 2026-09-09
- Приглашений: 0
- Уважение: [+0/-0]
- Провел на форуме:
1 день 19 часов - Последний визит:
Сегодня 20:14:20
Названия кликабельны.
В КОДЕ:
NetworkX (пайтон) — библиотека для создания, обработки и анализа графов в коде.PyVis и Plotly — интерактивная визуалка прямо из Jupyter.
Neo4j Browser — если юзаете с графовыми БД (CKG на нём и стоит). Запросы через Cypher + просмотр результата как графа.
D3.js — кастомная веб-визуализация, если вам нужен полный контроль.